Badania Jerzego Kwiatkowskiego skupiały się przede wszystkim na poezji XX wieku - od L. Staffa do S. Barańczaka. Główne dzieła to: Szkice do portretów (1960), U podstaw liryki Leopolda Staffa (1966), Świat poetycki Juliana Przybosia (1972), Poezja Jarosława Iwaszkiewicza na tle dwudziestolecia międzywojennego (1975). Kilka książek: Klucze do wyobraźni (1964), Remont pegazów (1969) i inne stanowi dorobek krytycznoliteracki Kwiatkowskiego. Poetom francuskim XX wieku poświęcił książkę Poezje bez granic (1967). W Bibliotece Narodowej wydał poezje M. Pawlikowskiej-Jasnorzewskiej oraz G. Apollinaire'a. Opublikował wiele prac w księgach zbiorowych, np. o młodopolskim solaryzmie (Młodopolski świat wyobraźni, 1977). Był inicjatorem księgi Poznawanie Miłosza (1985).

Otrzymał kilka nagród, m.in. Fundacji im. Kościelskich w Genewie (1969) oraz im. Kazimierza Wyki (1980).