Naukowcy starają się odkryć biomarkery w nieswoistym zapalniu jelit

IBD dotyka ok. 2–3 mln osób w samej Europie, powodując ogromny dyskomfort i cierpienie. W swojej skrajnej postaci, jako choroba Crohna, wymaga interwencji chirurgicznej i często ma ponure rokowania. Obecnie powszechnie wiadomo, że wczesne zdiagnozowanie i szybkie podjęcie leczenia pozwoliłyby osiągnąć lepsze rezultaty.

Wymaga to odkrycia swoistych biomarkerów, który pozwoliłyby diagnozować i klasyfikować pacjentów według stopnia dotkliwości choroby. Mając to na uwadze, zespół naukowców wspieranych ze środków UE, zainicjował projekt "Diagnostic and prognostic biomarkers for inflammatory bowel disease IBD-BIOM" (IBD-BIOM), by wspólnymi siłami zidentyfikować biomarkery IBD.

Plan polega na połączeniu, w oparciu o dużą liczbę zgromadzonych wcześniej próbek, informacji fenotypowych z danymi "omicznymi". Próbki uzyskane od pacjentów zostaną zbadane na poziomie epigenetycznym, glikomicznym, glikoproteomicznym i aktywomicznym. Z perspektywy epigenetycznej, badacze mają nadzieję, że uda im się zidentyfikować zmiany dotyczące całego genomu w metylacji DNA związanej ze zmienioną ekspresją genu na różnych etapach przebiegu IBD.

Wykorzystując technologie wysokoprzepustowej chromatografii cieczowej i spektrometrii mas, zespół IBD-BIOM przeanalizuje także glikozylowanie cząsteczek IgG osocza krwi i połączy je z zapaleniem IBD. Dane wstępne wskazują, że w odpowiedzi na stan zapalny następuje zmiana schematu glikozylowania IgG. Podobna analiza różnicowo glikozylowanych białek zostanie wykonana na próbkach jelit uzyskanych od chorych na IBD. Dotychczas zidentyfikowana została liczba interesujących trafień związanych z IBD. Są one poddane dalszym badaniom.

Ważnym osiągnięciem projektu jest stworzenie aktywomiki, nowatorskiej technologii opracowanej przez jednego z partnerów projektu IBD-BIOM służącej odkrywaniu biomarkerów. Aktywomika pozwala na analizowanie enzymów odpowiedzialnych za modyfikacje potranslacyjne (fosforylację, glikozylowanie lub proteolizę). W czasie zapalenia widoczne są wyższe poziomy proteazy, jednak wciąż nie wiadomo, jaki ma to związek z wystąpieniem i progresją IBD.

‎Łącząc informacje genetyczne, epigenetyczne i glikomiczne, konsorcjum IBD-BIOM liczy, że uda mu się odkryć biomarkery kojarzone z różnymi etapami IBD. Działania zespołu są rozpowszechniane za pośrednictwem strony internetowej projektu, na której dostępne są także filmy ukazujące dodatkowo trudności, z jakimi zmagają się na co dzień chorzy na IBD.